ข้อควรระวังในการใช้กล้องจุลทรรศน์

1. กล้องจุลทรรศน์เป็นเครื่องมือที่มีความแม่นยำซึ่งต้องใช้ตามขั้นตอนการปฏิบัติงาน ด้วยความเอาใจใส่และความอดทน อย่ากระทำการอย่างเร่งรีบหรือรุนแรงเกินไป เพื่อป้องกันไม่ให้ส่วนประกอบเสียหายเนื่องจากข้อผิดพลาดในการทำงาน
2. ห้ามสัมผัสชิ้นส่วนกระจกออปติคอลด้วยมือ และหลีกเลี่ยงการชนรุนแรงจนอาจทำให้ส่วนประกอบเสียหายได้
3. เมื่อทำการสังเกต จำเป็นต้องเพิ่มกระจกปิดเพื่อป้องกันไม่ให้น้ำไหลลงบนโต๊ะเคลื่อนที่ และเพื่อป้องกันไม่ให้กรด ด่าง และสารเคมีอื่นๆ สัมผัสกับกล้องจุลทรรศน์ ไม่ควรให้กล้องจุลทรรศน์โดนแสงแดด
เมื่อใช้ปุ่มปรับโฟกัสละเอียด หากไม่สามารถหมุนต่อไปในทิศทางเดิมได้และถึงขีดจำกัดแล้ว ไม่ควรบิดปุ่มแรงๆ แต่ควรหมุนกลับในทิศทางตรงข้าม จากนั้นหมุนปุ่มปรับโฟกัสหยาบ จากนั้นจึงใช้ปุ่มปรับโฟกัสละเอียดเพื่อปรับละเอียด
5. หากเลนส์ตาหรือเลนส์วัตถุสกปรก ให้ใช้กระดาษเช็ดเลนส์แบบพิเศษเช็ดในทิศทางตรง และอย่าใช้มือ ผ้าเช็ดหน้า หรือผ้าฝ้ายเช็ด หากเลนส์ตาหรือเลนส์วัตถุเปื้อนน้ำมัน ให้เช็ดทำความสะอาดด้วยกระดาษเช็ดเลนส์แบบพิเศษที่จุ่มในไซลีน (หรือเอธานอลและอีเธอร์ที่ปราศจากน้ำในอัตราส่วน 1:1:1) จำนวนเล็กน้อย แล้วเช็ดด้วยกระดาษเช็ดเลนส์ที่สะอาดอีกครั้ง